#include <iostream>
#include <math.h>
using namespace std;

int wave(int n){
 
}
//"34`96' 39
int main() {
    int n=0;
    string a1,a2;
    char w;
    bool c=false;
    
    while(true  ){
                   w=getchar();
              if((int)w==34&&c==false){
             w=96;
             cout<<w;
             cout<<w;
             c=true;
             }
             else if((int)w==34&&c==true){
             w=39;
             cout<<w;
             cout<<w;
             c=false;                  
             }
             else{
                  cout<<w;
             }
    }
    return 0;
}

你的程式是無窮迴圈，以及IO輸入到NULL應該就可以跳離迴圈了

while(true){

　　...

}